grain_icon Diversity Home | Tools | SNP Query | Launch TASSEL | Download Data Sets | Tutorials | FAQ | Release Notes

Allele data for marker "STS010" from the experiment "Genome-wide patterns of nucleotide polymorphism in domesticated rice".

E.g., Germplasm "IRGC9542", RA4969, Basmati 1, Marker/locus RM22.

Items 1 to 25 of 94.       of 4 | Next

[ Download ]

Germplasm
Accession Name

Germplasm
Accession
Number

Subsp.
& subtaxa

Country of
Origin

Stock
Number

Locus
name
Genotype
View All Genotypes on
Germplasm
Fortuna CIor1344 japonica   RA5045 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Fortuna" genotypes
Shinriki CIor1642 japonica   RA5327 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Shinriki" genotypes
Asse Y Pung CIor461 japonica   RA5333 STS010 NNNNNAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Asse Y Pung" genotypes
Asse Y Pung CIor461 japonica   RA5333 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Asse Y Pung" genotypes
WC6 CIor5309 japonica   RA5288 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "WC6" genotypes
Early Wataribune CIor9738 japonica   RA5319 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Early Wataribune" genotypes
Kasalath HO1195     RA5339 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Kasalath" genotypes
Oryza rufipogon-RA162 IRGC105404     RA162 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Oryza rufipogon-RA162" genotypes
Oryza rufipogon-RA2747 IRGC105491     RA2747 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Oryza rufipogon-RA2747" genotypes
Oryza nivara-RA154 IRGC105706     RA154 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Oryza nivara-RA154" genotypes
Oryza rufipogon-RA2762 IRGC106144     RA2762 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCYTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Oryza rufipogon-RA2762" genotypes
Oryza rufipogon-RA171 IRGC106163     RA171 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCYTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Oryza rufipogon-RA171" genotypes
Oryza rufipogon-RA2662 IRGC106262     RA2662 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Oryza rufipogon-RA2662" genotypes
Ta Hung Ku IRGC1107 japonica   RA5029 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Ta Hung Ku" genotypes
Dom Sufid IRGC12880 aromatic   RA4929 STS010 NNNNNAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Dom Sufid" genotypes
KU115 IRGC15046 japonica   RA5294 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "KU115" genotypes
Gundil Kuning IRGC16428 japonica   RA5297 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Gundil Kuning" genotypes
Jambu IRGC17757 japonica   RA5353 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Jambu" genotypes
Khao Hawm IRGC24225 japonica   RA5030 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Khao Hawm" genotypes
Kotobuki Mochi IRGC2545 japonica   RA4882 STS010 NNNNNNNGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Kotobuki Mochi" genotypes
Miriti IRGC25901 japonica   RA4970 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Miriti" genotypes
Binulawan IRGC26872 indica   RA4871 STS010 NNNNNNNNNGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Binulawan" genotypes
Dholi Boro IRGC27513 indica   RA4984 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Dholi Boro" genotypes
Khao Dawk Mali 105 IRGC27748 indica   RA4878 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Khao Dawk Mali 105" genotypes
Phudugey IRGC32399     RA4939 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Phudugey" genotypes
[ Download ]