grain_icon Diversity Home | Tools | SNP Query | Launch TASSEL | Download Data Sets | Tutorials | FAQ | Release Notes

Allele data for marker "STS010" from the experiment "Genome-wide patterns of nucleotide polymorphism in domesticated rice".

E.g., Germplasm "IRGC9542", RA4969, Basmati 1, Marker/locus RM22.

Items 26 to 50 of 94.       Previous | of 4 | Next

[ Download ]

Germplasm
Accession Name

Germplasm
Accession
Number

Subsp.
& subtaxa

Country of
Origin

Stock
Number

Locus
name
Genotype
View All Genotypes on
Germplasm
Mudgo IRGC6663 indica   RA5282 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Mudgo" genotypes
Pao-Tou-Hung IRGC51400 indica   RA4992 STS010 NNNNNNNNNGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Pao-Tou-Hung" genotypes
Pin Kaeo IRGC5803 indica   RA4883 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Pin Kaeo" genotypes
Popot 165 IRGC43545 indica   RA4987 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Popot 165" genotypes
Rathuwee IRGC8952 indica   RA4911 STS010 NACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Rathuwee" genotypes
Tainan Iku 487 PI215936 japonica   RA5286 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Tainan Iku 487" genotypes
Shoemed PI392539 japonica   RA5123 STS010 CACCAAGGTGAGCGTNGGTNNNTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCNTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Shoemed" genotypes
Early Wataribune CIor9738 japonica   RA5319 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Early Wataribune" genotypes
Chinese PI431222 japonica   RA5295 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Chinese" genotypes
Heukgyeong IRGC55530 japonica   RA4973 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGGGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Heukgyeong" genotypes
Kamenoo PI403629 japonica   RA4990 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGGGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Kamenoo" genotypes
Luk Takhar IRGC58286 japonica   RA4977 STS010 NNNNNNNNNNNNCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Luk Takhar" genotypes
Asse Y Pung CIor461 japonica   RA5333 STS010 NNNNNAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Asse Y Pung" genotypes
Nep Hoa Vang IRGC40748 japonica   RA4945 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Nep Hoa Vang" genotypes
Norin 20 IRGC418 japonica   RA5302 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Norin 20" genotypes
NPE 417 IRGC38692 japonica   RA4944 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "NPE 417" genotypes
Shinriki CIor1642 japonica   RA5327 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Shinriki" genotypes
Shoemed PI392539 japonica   RA5123 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Shoemed" genotypes
Suweon 362 PI597021 japonica   RA5338 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Suweon 362" genotypes
Ta Hung Ku IRGC1107 japonica   RA5029 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Ta Hung Ku" genotypes
Tainan Iku 487 PI215936 japonica   PI215936 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Tainan Iku 487" genotypes
Taducan PI280681 indica   RA5374 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGGGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Taducan" genotypes
WC6 CIor5309 japonica   RA5288 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "WC6" genotypes
Yelaik Meedon IRGC33888 japonica   RA4940 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATG
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Yelaik Meedon" genotypes
Arias IRGC43325 japonica   RA4951 STS010 CACCAAGGTGAGCGTTGGTTGCTTAGCTAATGATATTAGCTTCCTTAATT
-----GCGTTGTTTAGATTGTATTAACGTTTAACTAATCACGCAATGTGT
TCATGGATGGATGCAGGTGAAGATCCTGAGGAGGGAGTCCTACTGGTACA
ACGGCACTGGCTCCGTCGTCACCGTTGATCAGGTACGTACA---------
--------------------AATCTCATAGCCTTCACATGAATCAGTTCA
ATTCTCCTAGTACTCCAATCGATAATCAAAAGGAAGAAATACTTTTAAGC
AATGAATAATAATCAATTAATGGTTGAATTGAATTGACTGGATGCAGGAT
CCCAACACTCGCTACCCGGTGGTGGTTCGGTTCGCCAAGGTGAACTACGC
CGGCGTGTCGACCAACAACTACGCC
View all "Arias" genotypes
[ Download ]