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Allele data for marker "STS017" from the experiment "Genome-wide patterns of nucleotide polymorphism in domesticated rice".

E.g., Germplasm "IRGC9542", RA4969, Basmati 1, Marker/locus RM22.

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Germplasm
Accession Name

Germplasm
Accession
Number

Subsp.
& subtaxa

Country of
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Stock
Number

Locus
name
Genotype
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Germplasm
Jefferson x Oryza rufipogon NULL     Jefferson x Oryza rufipogon BC2F1 Line 113 STS017 NNNTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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ATGACAGGAAC
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Jefferson x Oryza rufipogon NULL     Jefferson x Oryza rufipogon BC2F1 Line 68 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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ATGACAGGAAC
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Jefferson x Oryza rufipogon NULL     Jefferson x Oryza rufipogon BC2F2 Line 252 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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ATGACAGGAAC
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Jefferson x Oryza rufipogon NULL     Jefferson x Oryza rufipogon BC2F2 Line 59 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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Tainan Iku 487 PI215936 japonica   PI215936 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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View all "Tainan Iku 487" genotypes
Oryza nivara-RA154 IRGC105706     RA154 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGATTCGTTCCCTGGTAGTAGCAGCA
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Oryza rufipogon-RA162 IRGC105404     RA162 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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Oryza rufipogon-RA171 IRGC106163     RA171 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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Oryza rufipogon-RA2662 IRGC106262     RA2662 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTGGTA---GCA
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Oryza rufipogon-RA2747 IRGC105491     RA2747 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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Oryza rufipogon-RA2762 IRGC106144     RA2762 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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Oryza rufipogon-RA4782 W1952     RA4782 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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Oryza rufipogon-RA4783 W1953(-3)     RA4783 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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View all "Oryza rufipogon-RA4783" genotypes
Oryza rufipogon-RA4784 W1955     RA4784 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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View all "Oryza rufipogon-RA4784" genotypes
Oryza rufipogon-RA4785 W1956(-2)     RA4785 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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View all "Oryza rufipogon-RA4785" genotypes
Oryza rufipogon-RA4786 W1957     RA4786 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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View all "Oryza rufipogon-RA4786" genotypes
Oryza rufipogon-RA4790 W1961(-1)     RA4790 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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ATGACAGGAAC
View all "Oryza rufipogon-RA4790" genotypes
Oryza rufipogon-RA4792 W1963     RA4792 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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ATGACAGGAAC
View all "Oryza rufipogon-RA4792" genotypes
Oryza rufipogon-RA4794 W1965(-2)     RA4794 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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ATGACAGGAAC
View all "Oryza rufipogon-RA4794" genotypes
Oryza rufipogon-RA4814 R1     RA4814 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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ATGACAGGAAC
View all "Oryza rufipogon-RA4814" genotypes
Oryza rufipogon-RA4815 R2(a)     RA4815 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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ATGACAGGAAC
View all "Oryza rufipogon-RA4815" genotypes
Oryza rufipogon-RA4816 R3(a)     RA4816 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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ATGACAGGAAC
View all "Oryza rufipogon-RA4816" genotypes
Oryza rufipogon-RA4820 R7(b)     RA4820 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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ATGACAGGAAC
View all "Oryza rufipogon-RA4820" genotypes
Oryza rufipogon-RA4823 R10(a)     RA4823 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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Oryza rufipogon-RA4825 R12(c)     RA4825 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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AAAGTAAATAACATGTTATGAACATTAGTTTTGAAGTGTGTTTGTTGCTT
AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
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