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Allele data for marker "STS017" from the experiment "Genome-wide patterns of nucleotide polymorphism in domesticated rice".

E.g., Germplasm "IRGC9542", RA4969, Basmati 1, Marker/locus RM22.

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Germplasm
Accession Name

Germplasm
Accession
Number

Subsp.
& subtaxa

Country of
Origin

Stock
Number

Locus
name
Genotype
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Germplasm
Yelaik Meedon IRGC33888 japonica   RA4940 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGAAC
View all "Yelaik Meedon" genotypes
Arias IRGC43325 japonica   RA4951 STS017 NNTTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
CAGTGTGTTTTGATGTTGATAGCACGGTCTGCTTGGATGAGGGTATTGAT
GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGNNN
View all "Arias" genotypes
Asse Y Pung CIor461 japonica   RA5333 STS017 NNNNNNNNTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGNNN
View all "Asse Y Pung" genotypes
Jefferson x Oryza rufipogon NULL     Jefferson x Oryza rufipogon BC2F1 Line 113 STS017 NNNTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGAAC
View all "Jefferson x Oryza rufipogon" genotypes
Cicih Beton IRGC43372 japonica   RA4955 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTYTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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ATGACAGGAAC
View all "Cicih Beton" genotypes
Davao IRGC8244 japonica   RA4901 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "Davao" genotypes
Dholi Boro IRGC27513 indica   RA4984 STS017 NNTTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "Dholi Boro" genotypes
Fortuna CIor1344 japonica   RA5045 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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ATGACAGGAAC
View all "Fortuna" genotypes
Gotak Gatik IRGC43397 japonica   RA4959 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTGGTA---GCA
GCCATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCCGCTGATTTTGCCAATCGCCG
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATTTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTT-G
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGCGCAATGCCGATG
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GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTTC
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View all "Gotak Gatik" genotypes
Gundil Kuning IRGC16428 japonica   RA5297 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGTAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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ATGACAGGAAC
View all "Gundil Kuning" genotypes
Gyehwa 3 PI584598 japonica   RA4997 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGTAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGAAC
View all "Gyehwa 3" genotypes
Jambu IRGC17757 japonica   RA5353 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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ATGACAGGAAC
View all "Jambu" genotypes
Khao Hawm IRGC24225 japonica   RA5030 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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ATGACAGGAAC
View all "Khao Hawm" genotypes
Kotobuki Mochi IRGC2545 japonica   RA4882 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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ATGACAGGNNN
View all "Kotobuki Mochi" genotypes
KU115 IRGC15046 japonica   RA5294 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGATACATGGTGCAATGCCGATG
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GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGAAC
View all "KU115" genotypes
Lemont IRGC66756 japonica   RA4998 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
CAGTGTGTTTTGATGTTGATAGCACGGTCTGCTTGGATGAGGGTATTGAT
GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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ATGACAGGAAC
View all "Lemont" genotypes
Miriti IRGC25901 japonica   RA4970 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
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View all "Miriti" genotypes
NPE 844 IRGC38698 japonica   RA4948 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "NPE 844" genotypes
Hsia-Chioh-Keh-Tu IRGC8240 indica   RA4898 STS017 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTXG
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ATNACANGANC
View all "Hsia-Chioh-Keh-Tu" genotypes
Sinampaga Selection IRGC3967 japonica   RA5396 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGAAC
View all "Sinampaga Selection" genotypes
Trembese IRGC43675 japonica   RA4988 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
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GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGAAC
View all "Trembese" genotypes
Oryza nivara-RA154 IRGC105706     RA154 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGATTCGTTCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
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ATGACAGGAAC
View all "Oryza nivara-RA154" genotypes
Oryza rufipogon-RA162 IRGC105404     RA162 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
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ATGACAGGAAC
View all "Oryza rufipogon-RA162" genotypes
Oryza rufipogon-RA2747 IRGC105491     RA2747 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
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ATGACAGGAAC
View all "Oryza rufipogon-RA2747" genotypes
Oryza rufipogon-RA2762 IRGC106144     RA2762 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
CAGTGTGTTTTGATGTTGATAGCACGGTCTGCTTGGATGAGGGTATTGAT
GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
AAAGTAAATAACATGTTATGAACATTAGTTTTGAAGTGTGTTTGTTGCTT
AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGAAC
View all "Oryza rufipogon-RA2762" genotypes
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