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Allele data for marker "STS017" from the experiment "Genome-wide patterns of nucleotide polymorphism in domesticated rice".

E.g., Germplasm "IRGC9542", RA4969, Basmati 1, Marker/locus RM22.

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Germplasm
Accession Name

Germplasm
Accession
Number

Subsp.
& subtaxa

Country of
Origin

Stock
Number

Locus
name
Genotype
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Germplasm
Phudugey IRGC32399     RA4939 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
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TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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ATGACAGGAAC
View all "Phudugey" genotypes
Yelaik Meedon IRGC33888 japonica   RA4940 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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ATGACAGGAAC
View all "Yelaik Meedon" genotypes
NPE 417 IRGC38692 japonica   RA4944 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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ATGACAGGAAC
View all "NPE 417" genotypes
NPE 844 IRGC38698 japonica   RA4948 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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ATGACAGGAAC
View all "NPE 844" genotypes
Sinampaga Selection IRGC3967 japonica   RA5396 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "Sinampaga Selection" genotypes
Nep Hoa Vang IRGC40748 japonica   RA4945 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "Nep Hoa Vang" genotypes
Norin 20 IRGC418 japonica   RA5302 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGTAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "Norin 20" genotypes
ARC 13829 IRGC42469     RA4947 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "ARC 13829" genotypes
Arias IRGC43325 japonica   RA4951 STS017 NNTTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGNNN
View all "Arias" genotypes
Cere Air IRGC43369 indica   RA4953 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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ATGACAGGAAC
View all "Cere Air" genotypes
Cicih Beton IRGC43372 japonica   RA4955 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTYTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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ATGACAGGAAC
View all "Cicih Beton" genotypes
Gotak Gatik IRGC43397 japonica   RA4959 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTGGTA---GCA
GCCATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCCGCTGATTTTGCCAATCGCCG
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATTTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTT-G
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGCGCAATGCCGATG
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GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTTC
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ATGACAGGAAC
View all "Gotak Gatik" genotypes
Popot 165 IRGC43545 indica   RA4987 STS017 NNTTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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ATGACAGGAAC
View all "Popot 165" genotypes
Trembese IRGC43675 japonica   RA4988 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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ATGACAGGAAC
View all "Trembese" genotypes
Badkalamkati IRGC45011 indica   RA4991 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "Badkalamkati" genotypes
BJ1 IRGC45195     RA5345 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "BJ1" genotypes
Lal Aman IRGC46202 indica   RA4956 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "Lal Aman" genotypes
Ai-Chiao-Hong IRGC51250 indica   RA4967 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
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TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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ATGACAGGAAC
View all "Ai-Chiao-Hong" genotypes
Guan-Yin-Tsan IRGC51300 indica   RA4968 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
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ATGACAGGAAC
View all "Guan-Yin-Tsan" genotypes
Pao-Tou-Hung IRGC51400 indica   RA4992 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "Pao-Tou-Hung" genotypes
Basmati 217 IRGC53637     RA4993 STS017 NNNTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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ATGACAGGAAC
View all "Basmati 217" genotypes
Heukgyeong IRGC55530 japonica   RA4973 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGTAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGAAC
View all "Heukgyeong" genotypes
Chau IRGC56036 indica   RA4974 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
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TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
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ATGACAGGAAC
View all "Chau" genotypes
Pin Kaeo IRGC5803 indica   RA4883 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTTTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
CAGTGTGTTTTGATGTTGATAGCACGGTCTGCTTGGATGAGGGTATTGAT
GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
AAAGTAAATAACATGTTATGAACATTAGTTTTGAAGTGTGTTTGTTGCTT
AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGAAC
View all "Pin Kaeo" genotypes
Luk Takhar IRGC58286 japonica   RA4977 STS017 CATTTCTTTCTGCTAAACTTTGCAAGACTCGTCCCCTGGTAGTAGCAGCA
GCTATGGAGGTCTCGAAGGAAGCCCCTTCTGCTGACTTTGCCAATCGCCA
GCCTTCCAAAGGTTGTTGCTGAGAACTCCATCTTATTAAATTGATTGATA
TGCCTCTGCGGGTTGCACTGTCTCCAGTTCTAAATTTAATATAACTTTTG
TCCTTGCATGATTCTGTTAGGGGTTCTTGAGACATGGTGCAATGCCGATG
CAGTGTGTTTTGATGTTGATAGCACGGTCTGCTTGGATGAGGGTATTGAT
GAACTCGCTGATTTCTGTGGGGCTGGGAAGGCTGTTGCTGAGTGGACTGC
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AGTGCATAAAATTCATTCAGGATGCTCATTGGTTTAATATTCTTAGGGCA
ATGACAGGAAC
View all "Luk Takhar" genotypes
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