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Allele data for marker "STS060" from the experiment "Genome-wide patterns of nucleotide polymorphism in domesticated rice".

E.g., Germplasm "IRGC9542", RA4969, Basmati 1, Marker/locus RM22.

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Germplasm
Accession Name

Germplasm
Accession
Number

Subsp.
& subtaxa

Country of
Origin

Stock
Number

Locus
name
Genotype
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Germplasm
Pin Kaeo IRGC5803 indica   RA4883 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAACTTTCACAAATTGTGGA
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ATGTTCGGAAGGGTGAATTATGCAGAAAATAACTAATAGTACTCATCATC
TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
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TAATGCCTCAATCTTTCTGATTATATTTCCTTTGCTAACTTCATCATTTA
TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
View all "Pin Kaeo" genotypes
Popot 165 IRGC43545 indica   RA4987 STS060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
TCAATAATCCTGCCTGCTGTTGGATTTCAGTCCAAATCAAATGGACAGAG
ATGTTCGGAAGGGTGAATTATGCAGAAAATAACTAATAGTACTCATCATC
TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
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GAAGCTCTATGAGCGCCTCAAGAAAATGTCATCCAGTGTCAAGATTGAAT
CAGTTGTGCCGGTATGTGCTAAATGCAGAGATTTTAATTAATTGCAAGAT
TAATGCCTCAATCTTTCTGATTATATTTCCTTTGCTAACTTCATCATTTA
TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
View all "Popot 165" genotypes
Rathuwee IRGC8952 indica   RA4911 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
TCAATAATCCTGCCTGCTGTTGGATTTCAGTCCAAATCAAATGGACAGAG
ATGTTCGGAAGGGTGAATTATGCAGAAAATAACTAATAGTACTCATCATC
TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
GTAGATGGCAGCAGTTTGAAGGTGGACGTGCCAGGGACTGTCGACGTCGG
GAAGCTCTATGAACGCCTCAAGAAAATGTCATCCAGTGTCAAGATTGAAT
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TAATGCCTCAATCTTTCTGATTATATTTCCTTTGCTAACTTCATCATTTA
TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
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Shoemed PI392539 japonica   RA5123 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
TCAATAATCCTGCCTGCTGTTGGATTTCAGTCCAAATCAAATGGACAGAG
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TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
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TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
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Early Wataribune CIor9738 japonica   RA5319 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
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TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
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TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
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Chinese PI431222 japonica   RA5295 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
TCAATAATCCTGCCTGCTGTTGGATTTCAGTCCAAATCAAATGGACAGAG
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TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
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TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
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Koshihikari IRGC10907 japonica   RA5337 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
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TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
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Luk Takhar IRGC58286 japonica   RA4977 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
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ATGTTCGGAAGGGTGAATTATGCAGAAAATAACTAATAGTACTCATCATC
TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
GTAGATGGCAGCAGTTTGAAGGTGGACGTGCCAGGGACTGTCGACGTCGG
GAAGCTCTATGAGCGCCTCAAGAAAATGTCATCCAGTGTCAAGATTGAAT
CAGTTGTGCCGGTATGTGCTAAATGCAGAGATTTTAATTAATTGCAAGAT
TAATGCCTCAATCTTTCTGATTATATTTCCTTTGCTAACTTCATCATTTA
TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
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M-202 RA5539 japonica, temperate japonica   RA5539 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
TCAATAATCCTGCCTGCTGTTGGATTTCAGTCCAAATCAAATGGACAGAG
ATGTTCGGAAGGGTGAATTATGCAGAAAATAACTAATAGTACTCATCATC
TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
GTAGATGGCAGCAGTTTGAAGGTGGACGTGCCAGGGACTGTCGACGTCGG
GAAGCTCTATGAAAGCCTCAAGAAAATGTCATCCAGTGTCAAGATTGAAT
CAGTTGTGCCGGTATGTGCTAAATGGAGAGATTTTAATTAATTGCAAGAT
TAATGCCTCAATCTTTCTGATTATATTTCCTTTGCTAACTTCATCATTTA
TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
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Asse Y Pung CIor461 japonica   RA5333 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
TCAATAATCCTGCCTGCTGTTGGATTTCAGTCCAAATCAAATGGACAGAG
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TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
GTAGATGGCAGCAGTTTGAAGGTGGACGTGCCAGGGACTGTCGACGTCGG
GAAGCTCTATGAACGCCTCAAGAAAATGTCATCCAGTGTCAAGATTGAAT
CAGTTGTGCCGGTATGTGCTAAATGCAGAGATTTTAATTAATTGCAAGAT
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TTTCAAGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
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Nep Hoa Vang IRGC40748 japonica   RA4945 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
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TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
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GAAGCTCTATGAGCGCCTCAAGAAAATGTCATCCAGTGTCAAGATTGAAT
CAGTTGTGCCGGTATGTGCTAAATGCAGAGATTTTAATTAATTGCAAGAT
TAATGCCTCAATCTTTCTGATTATATTTCCTTTGCTAACTTCATCATTTA
TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
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Norin 20 IRGC418 japonica   RA5302 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
TCAATAATCCTGCCTGCTGTTGGATTTCAGTCCAAATCAAATGGACAGAG
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TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
GTAGATGGCAGCAGTTTGAAGGTGGACGTGCCAGGGACTGTCGACGTCGG
GAAGCTCTATGAGCGCCTCAAGAAAATGTCATCCAGTGTCAAGATTGAAT
CAGTTGTGCCGGTATGTGCTAAATGCAGAGATTTTAATTAATTGCAAGAT
TAATGCCTCAATCTTTCTGATTATATTTCCTTTGCTAACTTCATCATTTA
TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
View all "Norin 20" genotypes
NPE 417 IRGC38692 japonica   RA4944 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
TCAATAATCCTGCCTGCTGTTGGATTTCAGTCCAAATCAAATGGACAGAG
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TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
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GAAGCTCTATGAAAGCCTCAAGAAAATGTCATCCAGTGTCAAGATTGAAT
CAGTTGTGCCGGTATGTGCTAAATGGAGAGATTTTAATTAATTGCAAGAT
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TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
View all "NPE 417" genotypes
Shinriki CIor1642 japonica   RA5327 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
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TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
View all "Shinriki" genotypes
Shoemed PI392539 japonica   RA5123 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
TCAATAATCCTGCCTGCTGTTGGATTTCAGTCCAAATCAAATGGACAGAG
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GAACATGA
View all "Shoemed" genotypes
Suweon 362 PI597021 japonica   RA5338 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
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GAACATGA
View all "Suweon 362" genotypes
Tainan Iku 487 PI215936 japonica   PI215936 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
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GAACATGA
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Taducan PI280681 indica   RA5374 STS060 TCAAGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
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GAACATGA
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WC6 CIor5309 japonica   RA5288 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
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GAACATGA
View all "WC6" genotypes
Yelaik Meedon IRGC33888 japonica   RA4940 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
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GAACATGA
View all "Yelaik Meedon" genotypes
Arias IRGC43325 japonica   RA4951 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
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GAACATGA
View all "Arias" genotypes
Asse Y Pung CIor461 japonica   RA5333 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
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GAACATGA
View all "Asse Y Pung" genotypes
Jefferson x Oryza rufipogon NULL     Jefferson x Oryza rufipogon BC2F1 Line 113 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTACTGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
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GAACATGA
View all "Jefferson x Oryza rufipogon" genotypes
Cicih Beton IRGC43372 japonica   RA4955 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
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GAACATGA
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Davao IRGC8244 japonica   RA4901 STS060 TCACGAGTTCAAAGGTTGTAATGATCGTAGCAGATATACTCCCCATTTAA
CATCTCGTATTTTCTTGTCTCCGGGTGATGGAAATTTCACAAATTGTGGA
TCAATAATCCTGCCTGCTGTTGGATTTCAGTCCAAATCAAATGGACAGAG
ATGTTCGGAAGGGTGAATTATGCAGAAAATAACTAATAGTACTCATCATC
TTGGTTTTTTACTTTTAGAATCTGTCGACCAGGATAATTTCAAAGTAAAA
GTAGATGGCAGCAGTTTGAAGGTGGACGTGCCAGGGACTGTCGACGTCGG
GAAGCTCTATGAAAGCCTCAAGAAAATGTCATCCAGTGTCAAGATTGAAT
CAGTTGTGCCGGTATGTGCTAAATGGAGAGATTTTAATTAATTGCAAGAT
TAATGCCTCAATCTTTCTGATTATATTTCCTTTGCTAACTTCATCATTTA
TTTCAGGATGATCTAATGGCGAAAATGGATCGATACAAAAAGGACCTTCA
GAACATGA
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