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Allele data for marker "STS061" from the experiment "Genome-wide patterns of nucleotide polymorphism in domesticated rice".

E.g., Germplasm "IRGC9542", RA4969, Basmati 1, Marker/locus RM22.

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Germplasm
Accession Name

Germplasm
Accession
Number

Subsp.
& subtaxa

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Stock
Number

Locus
name
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Germplasm
Jefferson x Oryza rufipogon NULL     Jefferson x Oryza rufipogon BC2F1 Line 68 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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ATCATATTGTTTTGTGATTTTTTGTAAAATGCTACCTTAACTTTGGGCAC
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Jefferson x Oryza rufipogon" genotypes
ARC 13829 IRGC42469     RA4947 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CTACTATTATCTGACAAAGTCTCTTCCTTAGTTTCATCTGGAAGTATCCT
TTTTCACTATTACTAGATGCTATCTGAGGCAAATGTATATAATTGATTGC
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "ARC 13829" genotypes
DA13 IRGC5857     RA4887 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CTACTATTATCTGACAAAGTCTCTTCCTTAGTTTCATCTGGAAGTATCCT
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "DA13" genotypes
Pankhari 203 IRGC5999     RA4888 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Pankhari 203" genotypes
Nep Hoa Vang IRGC40748 japonica   RA4945 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Nep Hoa Vang" genotypes
Oryza rufipogon-RA4825 R12(c)     RA4825 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Oryza rufipogon-RA4825" genotypes
Oryza rufipogon-RA4782 W1952     RA4782 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Oryza rufipogon-RA4782" genotypes
Oryza rufipogon-RA4783 W1953(-3)     RA4783 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Oryza rufipogon-RA4783" genotypes
Basmati 217 IRGC53637     RA4993 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CTACTATTATCTGACAAAGTCTCTTCCTTAGTTTCATCTGGAAGTATCCT
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CGGAAGCTTTNNNNNNNNNNNN
View all "Basmati 217" genotypes
WC6 CIor5309 japonica   RA5288 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTNGT
View all "WC6" genotypes
Dom Sufid IRGC12880 aromatic   RA4929 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Dom Sufid" genotypes
DV85 IRGC8839     RA5323 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CTACTATTATCTGACAAAGTCTCTTCCTTAGTTTCATCTGGAAGTATCCT
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "DV85" genotypes
Shoemed PI392539 japonica   RA5123 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Shoemed" genotypes
Early Wataribune CIor9738 japonica   RA5319 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CTACTATTATCTGACAAAGTCTCTTCCTTAGTTTCATCTGGAAGTATCCT
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Early Wataribune" genotypes
Chinese PI431222 japonica   RA5295 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CTACTATTATCTGACAAAGTCTCTTCCTTAGTTTCATCTGGAAGTATCCT
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ATCATATTTTTTTGTGATTTT--GTAAAATGCTACCTTAACTTTGGGCAG
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Chinese" genotypes
Heukgyeong IRGC55530 japonica   RA4973 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Heukgyeong" genotypes
Kamenoo PI403629 japonica   RA4990 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Kamenoo" genotypes
Koshihikari IRGC10907 japonica   RA5337 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Koshihikari" genotypes
Luk Takhar IRGC58286 japonica   RA4977 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Luk Takhar" genotypes
M-202 RA5539 japonica, temperate japonica   RA5539 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "M-202" genotypes
Asse Y Pung CIor461 japonica   RA5333 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Asse Y Pung" genotypes
Norin 20 IRGC418 japonica   RA5302 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
AGGAAAAATACTAACTGAAGAGATGTAATAGATTGGATTATTCAAACATA
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Norin 20" genotypes
NPE 417 IRGC38692 japonica   RA4944 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
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ATGTCAGCTGCAGCTTTAATACTGTTTCAGTTATCATTGATCTTACATTT
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CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "NPE 417" genotypes
Shinriki CIor1642 japonica   RA5327 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
AGGAAAAATACTAACTGAAGAGATGTAATAGATTGGATTATTCAAACATA
ATGTCAGCTGCAGCTTTAATACTGTTTCAGTTATCATTGATCTTACATTT
TTATCTGGATTTAACATCTGTAGGAAACAAAGGTTATACATGCCAGAAAT
GTAGCACTTCTAGAGATGGGGAAGAGTTACAAAAGATGGCTAGCGATGTA
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TTTTCACTATTACTAGATGCTATCTGAGGCAAATGTATATAATT-ATTGC
ATCATATTTTTTTGTGATTTT--GTAAAATGCTACCTTAACTTTGGGCAG
TAGATAACAGTGAGGTAGGTTCTATGTACAAGACCATTGAAGAGCTAGAG
CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
View all "Shinriki" genotypes
Shoemed PI392539 japonica   RA5123 STS061 AAAAGTGTGATGGATTTCTTCTGCCTAATGCAGGTTGGTTAACATCACGA
AGGAAAAATACTAACTGAAGAGATGTAATAGATTGGATTATTCAAACATA
ATGTCAGCTGCAGCTTTAATACTGTTTCAGTTATCATTGATCTTACATTT
TTATCTGGATTTAACATCTGTAGGAAACAAAGGTTATACATGCCAGAAAT
GTAGCACTTCTAGAGATGGGGAAGAGTTACAAAAGATGGCTAGCGATGTA
CTACTATTATCTGACAAAGTCTCTTCCTTAGTTTCATCTGGAAGTATCCT
TTTTCACTATTACTAGATGCTATCTGAGGCAAATGTATATAATT-ATTGC
ATCATATTTTTTTGTGATTTT--GTAAAATGCTACCTTAACTTTGGGCAG
TAGATAACAGTGAGGTAGGTTCTATGTACAAGACCATTGAAGAGCTAGAG
CGGAAGCTTTACCATCCTTTGT
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